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Le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth)


Published
May 25, 2020

On va parler SIBO (keskecé ?), parce qu’apparemment des naturopathes de mes couilles utilisent ce prétexte pour expliquer tout et n’importe quoi. Regardez par exemple cette chiasse en barquette, où le/la naturopathe en question se permet de donner des conseils alimentaires (alors bien sûr que ce n’est pas un·e diéticien·ne).

https://www.fvnaturopathie.com/les-eacutetapes.html

On va déjà définir le SIBO. C’est un acronyme anglais pour Small Intestinal Bacterial Overgrowth, soit une croissance anormale de bactéries dans l’intestin grêle. Le premier mensonge à propos du SIBO c’est qu’il s’agit d’une maladie récemment découverte, alors que le premier papier à en faire mention date de 1968.

L’abstract de cet article commence par une phrase très intéressante : “Overgrowth of bacteria in the small bowel plays an important part in the pathogenesis of malabsorption (…), a feature of the rare condition intestinal pseudo-obstruction.” 

En gros, il y a une croissance de bactéries là où elles ne devraient pas être (l’intestin grêle) et ceci est relié à la pseudo-obstruction intestinale, une pathologie de motilité de l’intestin. 

Le document qui me sert de référence aujourd’hui, c’est le document des recommandations du collège américain de gastroentérologie, disponible sur le lien suivant.

https://journals.lww.com/ajg/fulltext/2020/02000/ACG_Clinical_Guideline__Small_Intestinal_Bacterial.9.aspx

Le SIBO est défini comme la présence d’une quantité excessive de bactéries dans l’intestin grêle, à l’origine de symptômes gastro-intestinaux. Ces bactéries sont généralement des coliformes, qu’on trouve normalement dans le côlon et qui sont des bactéries Gram (-) aérobie et anaérobie qui fermentent les glucides, produisant des gaz.

https://en.wikipedia.org/wiki/Coliform_bacteria

Avec la croissance exponentielle d’articles sur le microbiote intestinal, de nombreux articles sur le SIBO sont apparus aussi (on reste encore dans la thématique peu explorée, 90 articles en 2019).

Nombre de résultats sur Pubmed pour le terme "Small Intestinal Bacterial Overgrowth"

On retrouve des études qui associent le SIBO au côlon irritable, à la maladie inflammatoire de l’intestin, à la cirrhose, à des pathologies de dysmotilité… Bien que ces études soient importantes, un document de consensus a identifié les points forts et faibles dans la littérature publiée sur le sujet.

https://journals.lww.com/ajg/Abstract/2017/05000/Hydrogen_and_Methane_Based_Breath_Testing_in.25.aspx

L’objectif des recommandations récentes est d’établir des critères et des méthodes optimales de diagnostic du SIBO. Le traitement du SIBO est largement empirique, avec très peu d’essais cliniques bien menés. 

Définition du SIBO

La définition du SIBO implique une méthode de mesure de l’excès de bactéries et des symptômes associés. Par exemple, la fermentation pathologique de nutriments qui normalement devraient être entièrement absorbés peut induire une production de gaz en excès et des ballonnements. Une première mesure pour le diagnostic de SIBO est la mesure de dihydrogène ou de méthane dans l’haleine, après ingestion d’un substrat glucidique (glucose ou lactulose). Les critères les plus récents de diagnostic retiennent comme critère une augmentation de 20 ppm de dihydrogène ou de 10 ppm de méthane dans les 90 minutes qui suivent l’ingestion de 75 g de glucose ou 10 g de lactulose.

Test de production de dihydrogène (Image: Université de Michigan)

La mesure quantitative de dihydrogène ou de méthane dans l’haleine est une méthode peu onéreuse et facilement disponible. Le principe du test est que les cellules humaines sont incapables de produire de méthane ou de dihydrogène. Par conséquent, si ces gaz se retrouvent dans l’haleine, cela veut dire qu’il existe un lieu de production dans l’intestin.Ces gaz sont formés par la fermentation des glucides par le microbiote, puis absorbés et se trouvent dans le sang et sont ensuite expirés par les poumons. 

Voici un exemple de test d’un sujet sain :

Et d'un sujet avec SIBO :

Pour les sujets diabétiques, l’ingestion de glucose pour le test n’est pas préconisée, on préconise une ingestion de lactulose, qui est un glucide non absorbé par l’intestin. 

Bien que le méthane soit également impliqué dans le SIBO, cela crée un problème de nomenclature. Les producteurs de méthane sont des Archées, notamment Methanobrevibacter smithii. Le collège américain propose donc le nom SIMO, pour Small Intestinal Microbial Overgrowth. 

Malheureusement, les faux-positifs sont fréquents avec cette méthode en raison de la malabsorption d’une dose élevée de glucides. D’autre part, environ 15% des personnes souffrant de SIBO ne montrent pas de signes d’augmentation de dihydrogène dans l’haleine.

La méthode la plus précise pour quantifier le SIBO est la culture d’aspirats du duodénum, afin de quantifier les colonies bactériennes. Cependant, le seuil de culture positif est controversé et repose uniquement sur des espèces cultivables en laboratoire. Un consensus récent suggère qu’un taux supérieur à 1000 CFU/mL est un diagnostic de SIBO. 

Petit aparté : en microbiologie on parle de CFU (Colony-Forming Units) pour quantifier les colonies bactériennes sur un milieu de culture. Chaque bactérie isolée donne naissance à une colonie (CFU). En effet, plusieurs bactéries peuvent être à l’origine de la formation d’une seule colonie qui ne peut plus être qualifiée de colonie mais alors de CFU. La technique de dénombrement consiste à couler une gélose en boîte de Petri et ensemencer avec une dilution concentrée. On calcule alors les CFU par la formule CFU = N/(V*F) avec N = nombre de colonies ; V = volume de dilution ; F = facteur de dilution.

Une approche nouvelle pour rémédier à tout ceci est l’utilisation de capsules ingérables qui mesurent en temps réel les gaz de l’intestin. Ceci permet non seulement de mesurer la production de gaz, mais également de connaître précisément le lieu de production desdits gaz.

Capsule robotisée pour mesurer la production de gaz dans l'intestin (image tirée de https://www.nature.com/articles/s41575-019-0193-z)

Les premiers tests sur ces capsules sont assez prometteurs, mais on a clairement besoin de plus d’études cliniques pour conclure précisément quant à leur utilité.

https://www.nature.com/articles/s41928-017-0004-x

Les symptômes les plus communs du SIBO sont la douleur abdominale, les ballonnements, des flatulences en excès et dans certains cas une diarrhée chronique. Cependant, il n’existe pas un symptôme qui puisse être spécifiquement associé au SIBO. Ces symptômes recoupent souvent des symptômes d’autres maladies (pancréatite, maladie de Crohn, malabsorption de sels biliaires, etc.).

Par exemple, une étude de 2013 a obtenu des cultures de bactéries duodénales de 112 sujets avec et sans SIBO. Cette étude ne montre pas de différences dans l’intensité des symptômes (douleur abdominale, ballonnements, nausée, fréquence des flatulences).

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/apt.12304

Il faut donc avoir en tête non seulement les symptômes des patient·e·s mais également l’histoire médicale du patient avant de poser le SIBO comme un diagnostic possible chez quelqu’un présentant des flatulences, une diarrhée chronique ou des douleurs abdominales. 

Je vous mets ici les recommandations qui émergent du collège américain de gastroentérologie et qui préconisent un diagnostic de SIBO uniquement pour des patients présentant d’autres pathologies (notamment un syndrome du côlon irritable).

Mouvements de l'intestin et SIBO

L’intestin grêle possède une fonction inhérente de nettoyage par les mouvements de péristaltisme et le complexe migrateur migrant (CMM), organisé en 3 phases. La phase III du MMC est un événement contractile phasique et tonique qui commence dans l’estomac et se répand jusque dans le côlon, propulsant le chyme, les sécrétions et les bactéries, offrant une protection contre le SIBO.

Le complexe migrateur migrant et ses différentes phases (http://images.slideplayer.com/24/7327910/slides/slide_32.jpg)

Ce mécanisme protectif peut être perturbé par des problèmes de motilité intestinale, notamment de neuropathie (par exemple associée au diabète) ou par des médicaments comme les opioïdes, antidiarrhéiques et anticholinergiques. Des mouvements rétrogrades peuvent exister dans l’intestin, facilitant la prolifération de bactéries et donc le SIBO. Bien que ces mécanismes semblent assez intuitifs, il manque des études multicentrées, randomisées et contrôlées sur l’impact de ces problèmes de motilité.

Classiquement, un diagnostic de SIBO était associé à une antibiothérapie. Cependant, sans les outils de diagnostic nécessaires, ceci peut se révéler contre-productif, en favorisant notamment la prolifération de bactéries résistantes telles que Clostridium difficile. Les preuves de l’efficacité des antibiotiques dans les essais cliniques sont généralement de mauvaise qualité.

Une méta-analyse a été effectuée sur 32 essais cliniques afin d’évaluer l’efficacité d’un traitement à base de rifaximine.

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/apt.13928

L’analyse incluait 7 essais randomisés, 24 études de cohortes et une étude randomisée en cross-over. Il y avait une grande hétérogénéité dans les doses prescrites (600 à 1600 mg/jour) et la durée du traitement (5 à 28 jours). Prenant ceci en compte, l’efficacité globale du traitement était de 70,8% et les effets indésirables étaient présents dans 4,6% des cas. 

Je vous mets ici les conclusions des recommandations sur l’utilisation des différents antibiotiques.

Il y a plusieurs mécanismes par lesquels une modification du régime alimentaire pourrait être bénéfique pour le traitement du SIBO. Il s’agit essentiellement de réduire l’apport de nutriments riches en aliments fermentescibles. Une méta-analyse récente a évalué l’impact de la réduction des apports en FODMAPs et en gluten sur l’alimentation.

https://journals.lww.com/ajg/Abstract/2018/09000/A_Systematic_Review_and_Meta_Analysis_Evaluating.11.aspx

Elle conclut que le niveau de preuve concernant les régimes sans gluten est insuffisant. Le niveau de preuve des approches sans FODMAPS était jugé de faible qualité.

Malgré les conclusions sur les FODMAPS, des données de la littérature suggèrent qu’un régime pauvre en FODMAPs est associé à une diminution de la fermentation, mesurée par test d’haleine.

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/j.1440-1746.2010.06370.x

Les probiotiques ? Les études dessus sont de très mauvaise qualité, on ne peut pas vraiment conclure.

Dans tous les cas, on est loin des conseils miraculeux donnés par des charlatans en tout genre, qui vont vous préconiser tel et tel régime pour une somme modique de quelques centaines/milliers d’euros. Il s’agit d’une pathologie relativement peu connue, les études cliniques de qualité n’existent malheureusement pas. Il faut donc des études cliniques avec des critères d’inclusion bien définis et des mesures claires. En plus les symptômes du SIBO chevauchent ceux de nombreuses pathologies intestinales, d’où la difficulté du diagnostic.

Voici une phrase vraie 100% du temps: quelqu'un qui vous fait un diagnostic de SIBO sans test d'haleine et vous suggère que c'est l'origine de tous vos problèmes digestifs, puis vous propose un traitement à quelques centaines/milliers d'euros EST UN CHARLATAN DE MES COUILLES. 

Je vous laisse simplement les conclusions des recommandations américaines et je vous encourage fortement à lire l’article dont j’ai tiré ces informations.

Dernière chose : vous pouvez également regarder cette vidéo de Philippe Sansonetti, de l’Institut Pasteur, qui parle de SIBO dans le contexte de la malnutrition. Ça rejoint entièrement l’axe de recherche de mon laboratoire.

Merci de m’avoir lu, je sais que c’était assez technique, mais je vois malheureusement de plus en plus de « diagnostics » de SIBO par des charlatans de tout genre. 


Filipe De Vadder

Chercheur padawan - Du metal et de la science