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Le microbiote vaginal


Published
Revised
June 10, 2020
4 months ago

Historique

Un peu d’histoire déjà. C’est en 1892 qu’Albert Döderlein, un gynécologue allemand, publie un article sur les bactéries productrices de lactate dans le tractus génital féminin.

Albert Döderlein (image Wikimedia Commons)

Manu af Heurlin caractérise en 1914 le microbiote vaginal d’enfants, de femmes enceintes, de femmes non enceintes et de femmes âgées. Reprenant ces travaux, Robert Schröder en 1921 et Otto Jirovec en 1948 définissent six types de microbiote vaginal : normal, anormal, anormal à leucocytes, gonorrhéique, trichomonasique et candidosique.

Avec l’avènement des techniques de biologie moléculaire, on a reconsidéré les définitions et les dynamiques d’un microbiote vaginal sain. Le papier qui a amplement étudié la question a été publié dans la revue PNAS en 2011 :

https://t.co/zjPgFOn730?amp=1

On remarquera quand même que depuis le début je ne parle que d’hommes… Alors qu’on s’intéresse sans cesse au microbiote intestinal, on va voir que le microbiote vaginal est infiniment plus simple. La science a aussi ses biais sexistes.

Variabilité du microbiote vaginal

Dans le papier de PNAS, les auteurs ont étudié le microbiote de 396 femmes en âge reproducteur, sexuellement actives et ne présentant aucun symptôme d’infection vaginale. Les femmes étaient équitablement réparties selon 4 types ethniques (98 blanches, 104 afro-américaines, 97 asiatiques et 97 latino-américaines). Deux auto-prélèvements ont été effectués : l’un pour évaluer la présence d’une vaginose bactérienne suivant les critères de Nugent, l’autre pour effectuer un séquençage métagénomique du microbiote vaginal.

En accord avec ce que l’on savait déjà selon les méthodes classiques de microbiologie, le microbiote vaginal est amplement dominé par le genre Lactobacillus (types I, II, III et V qui sont dominés respectivement par L. crispatus, L. gasseri, L. iners et L. jensenii).

(Ravel et al., PNAS, 2011)

Ce qui est plus intéressant, c’est que les auteurs remarquent que chez les groupes où Lactobacillus sp. est moins présent (les afro-américaines et les latino-américaines), le pH vaginal médian est également plus élevé (5,0 vs. 4,4). Alors que l’on disait toujours qu’un pH inférieur à 4,5 était « sain », cette affirmation ne prenait absolument pas en compte l’origine ethnique des femmes en question. De plus, on voit que chez ces groupes ethniques, il y a une diversité bien plus importante (groupe IV) que chez les autres groupes. En fait, on peut trouver plus de 250 espèces bactériennes dans le vagin !

Une étude chinoise en 2017 a étudié le continuum du microbiote le long du tractus génital chez 95 volontaires saines.

https://t.co/6Ftd1y6qjN?amp=1

Et ce qui est intéressant, c’est que le microbiote varie énormément de l’entrée du vagin jusqu’aux trompes de Fallope.

(Chen et al., Nature Communications, 2017)

Alors qu’à l’entrée du vagin on trouve 99,97% de Lactobacillus sp., au niveau de l’utérus il n’y en a plus que 30%.

Mise en place de la communauté microbienne

Avant la ménarche, le microbiote vaginal est un mélange instable de microbiote cutané et intestinal, avec éventuellement des lactobacilles. Lors de la puberté, la sécrétion d’œstrogènes et de progestérone favorise fortement le développement du genre Lactobacillus. Une étude publiée en 2014 a montré que c’était le catabolisme du glycogène de l’hôte par les amylases, libérant du maltose et du maltotriose, qui favorisait la capacité fermentative des lactobacilles et donc leur implantation. La fermentation du maltose en acide lactique stabilise ainsi le pH acide vaginal.

https://t.co/z3ZbxLwLwf?amp=1

Les lactobacilles présents dans le microbiote vaginal peuvent produire des bactériocines, des surfactants et des molécules d’agrégation qui inhibent le développement des pathogènes. Les lactobacilles sont par définition des bactéries anaérobiques. Elles produisent donc du peroxyde d’hydrogène H2O2 pour détoxifier le dioxygène présent. Cette molécule préserve ainsi contre des pathogènes pouvant induire une vaginose.

Une étude de 2020 s'est intéressée à la succession écologique au sein du microbiote vaginal lors de la grossesse et à la transmission des bactéries lors de l'accouchement.

https://www.nature.com/articles/s41396-020-0686-3

Les auteurs ont étudié une cohorte danoise de 738 femmes, avec des échantillons prélevés dans le vagin à 24 et 36 semaines de grossesse, et chez les bébés à une semaine de vie. Les communautés bactériennes portaient une signature individuelle le long de la grossesse. On voit un énorme changement dans la composition entre 24 et 36 semaines, avec un déclin progressif des Lactobacillus ssp. Le transfert de la mère à l'enfant a en fait une faible contribution (essentiellement des Clostridiales). En fait la composition du microbiote vaginal de la mère ne permet pas de prédire la composition du microbiote du nouveau-né.

Physiopathologie du microbiote vaginal

En 1983, Richard Amsel et coll. proposent des critères pour définir une vaginose bactérienne : pH > 4,5 (on a déjà vu que c’était un biais de la population blanche), odeur « de poisson » spécialement en présence d’une solution de 10% KOH et 20% de « clue cells » (cellules épithéliales recouvertes de bactéries).

https://t.co/U13GjXt4cn?amp=1

Afin d’améliorer le diagnostic, Nugent introduit en 1991 le score de Nugent (cf. début du thread) : 0-3 normal, 4-6 intermédiaire, 7-10 vaginose bactérienne. Ce test prend en compte, entre autres, la quantité de lactobacilles dans un frottis bactérien.

Dans le papier de PNAS de 2011, les auteurs relativisent la pertinence de ce test pour les populations afro- et latino-américaines, dont une grande proportion présente un score de Nugent élevé, associé à une plus grande diversité microbienne. Pourtant, les femmes de l'étude ont été recrutées en parfaite santé. Ce score ne semble donc adapté qu'à des populations asiatiques ou européennes.



Pendant longtemps, la notion de vaginose bactérienne a été associée à la présence de Gardnerella vaginalis. Une étude parue en 2012 a montré qu’il existait au moins 4 souches de la bactérie et que seulement une de ces souches était associée à une vaginose.

https://t.co/GH1v3yYsOe?amp=1

La présence de G. vaginalis n’est donc pas prédictive d’une vaginose. En fait, il semblerait que les vaginoses soient causées par la présence de plusieurs bactéries extravaginales en compagnie de G. vaginalis, notamment Leptotrichia et Megasphera.

https://t.co/cYW7UVOJDM?amp=1

Une étude préliminaire non contrôlée de l'équipe d'Eran Elinav, en Israël, a montré que des femmes souffrant de vaginose microbienne pouvaient avoir une amélioration des symptômes suite à une transplantation de microbiote vaginal.

https://www.nature.com/articles/s41591-019-0600-6

Toutefois, les résultats de cette étude doivent être pris avec précaution, puisqu'il s'agit d'une étude non contrôlée à faible effectif.

Prophylaxie et probiotiques

L’une des premières études pour étudier la prophylaxie par probiotiques a été publiée en 1992. Elle consistait à ingérer oralement 250g de yaourt contenant Lactobacillus acidophilus chez des femmes sujettes à des infections récurrentes par Candida albicans. Le taux de récurrence passait ainsi de 2,5 chez le groupe contrôle à 0,38 chez le groupe traité.

https://t.co/ZUd84TfnhJ?amp=1

Depuis, de nombreuses études cliniques ont été faites. On peut notamment citer une étude de 2012 avec des souches de Lactobacillus rhamnosus. In vitro, les souches L. rhamnosus GR-1 et L. reuteri RC-14 sont capables d’inhiber le développement de C. albicans et d’induire la production d’interleukines pro-inflammatoires.

https://t.co/DJXdkjuPeQ?amp=1

Il est assez curieux que des probiotiques pris par voie orale puissent avoir un effet sur le microbiote vaginal. Cependant, une étude de 2012 a montré sur une cohorte de 30 femmes enceintes que 80% d’entre elles avaient les mêmes souches bactériennes de Lactobacillus dans le vagin et le rectum (sans qu’on ne sache trop comment, donc on arrête les pensées salaces).

https://t.co/xGoqombEe2?amp=1

En conclusion, on ne connaît pas encore bien les dynamiques du microbiote vaginal et on manque d’études. Les lactobacilles sont prédominants mais il existe une forte composante ethnique dans l’identité du microbiote (et donc le pH vaginal). Ce que l’on sait c’est que ce système est une barrière immunitaire pour le vagin, une source de restitution après le coït et une source bactérienne pour les futurs enfants.

Pour aller plus loin, une revue de très grande qualité :

https://t.co/BKQNnWFBQh?amp=1


Filipe De Vadder

Chercheur padawan - Du metal et de la science